Empat kelompok utama bakteri (berdasarkan fenotipik) menurut Bergey’s Manual determinative of Bacteriology digambarkan secara singkat, dilanjutkan dengan daftar sifat-sifat yang sering digunakan untuk membedakan beberapa dari kelompok tersebut. Salahsatunya adalah Archaebakteria. Arkhaebakteria merupakan organisme tertua yang hidup di bumi. Secara bahasa Arkhaebakteria berasal dari kata Archaea (bahasa Latin) dan Archaios (bahasa Yunani) yang juga berarti nenek moyang. Pada awalnya, oleh para pakar dan peneliti kelompok spesies Arkhaae dan bakteria bersama-sama dalam kingdom Monera (dalam klasifikasi 5 kingdom). Tetapi ternyata di antara mereka terdapat perbedaan, sehingga Arkhaea kini termasuk dalam Kingdom Arkhaebakteria (sistem klasifikasi 6 kingdom).Archaebakteria merupakan mikroba utama dalam lingkungan terrestrial dan akuatik, hidup dalam lingkungan anaerobik, dalam kadar garam tinggi, atau air panas, dan dalam lingkungan yang terkena panas bumi; serta beberapa terdapat sebagai simbion saluran pencernaan hewan. Kelompok yang termasuk aerob, anaerob, dan fakultatif aerob yang tumbuh secara kemolitoautotrofik, organotrofik. bentuk sel bervariasi : bulat, batang, spiral, pipih, persegi panjang, datar dan tidak beraturan, hidup sebagai sel tunggal (uniseluler) atau berupa filamen (seperti benang), ukuran sel Arkhaebakteria berkisar antara 0,1-15 µm, dalam bentuk filamen panjangnya mencapai 200 µm, bereproduksi dengan melakukan pembelahan biner, pertunasan, atau fragmentasi, berdasarkan kebutuhan akan oksigen ada aerob dan anaerob, tipe nutrisi (berdasarkan kebutuhan unsur karbon) : kemoautotrof dan habitat : ditemukan di daratan dan perairan yang ekstrim, seperti lingkungan anaerob (tidak tersedia oksigen), kadar garam tinggi, temperatur tinggi, sangat tinggi atau bahkan sangat rendah.
Archaebakteria dapat bersifat mesofil atau termofil, bahkan beberapa spesies dapat tumbuh pada suhu di atas 100 derajat. Suatu gambaran khusus biokimia archaebakteria yaitu adanya gliserol isopranil ether lipid. Tidak ada murein ( asam muramat terkandung dalam peptidoglikan) pada dinding sel membuat archaebakteria tidak sensitif terhadap antibiotika beta-laktam. “Common arm” (berhubungan dengan lengan) tRNA mengandung pseudouridin atau 1-metilpseudouridin sebagai pengganti ribotimidin. Urutan rRNA 5S, 16S, dan 23S sangat berbeda dari yang ada dalam eubakteria dan eukariot. Archaebakteria memberikan beberapa gambaran molekuler seperti pada eukariot:
a). Elongation Factor 2 (EF-2) mengandung asam amino diftamid dan oleh karena itu dapat terjadi ribosilasi-ADP oleh toksin diphteria,
b). Urutan asam amino protein “A” ribosom menunjukkan urutan yang bersifat homolog dengan protein eukariotik (L7/L12),
c). Methionin yang mengawali tRNA tidak mengandung formil,
d). Beberapa gen tRNA mengandung intron ,
e). Cabang aminoasil tRNA inisiator diakhiri dengan pasangan basa “AU,”,
f). DNA-dependent RNA polimerase merupakan enzim multikomponen dan tidak sensitif terhadap antibiotika rifampisin dan streptolidigin,
g). Seperti (-DNA polimerase pada eukariot, replikasi DNA polimerase archaebakteria tidak dihambat oleh aphidikolin atau butilfenil-dGTP, dan
h). Sintesis protein dihambat oleh anisomisin tetapi tidak oleh kloramfenikol.
Archaebakteria autotrof tidak mengasimilasi CO2 melalui siklus Calvin. Pada Methanobacterium, CO2 difiksasi melalui suatu jalur asetil-CoA, tetapi Acidianus dan Thermoproteus, bersifat aututrof CO2 difiksasi melalui jarul asam trikarboksilat reduktif. Fiksasi N2 hanya diperlihatkan oleh beberapa methanogen. Hasil pewarnaan Gram dapat positif atau negatif karena tipe pembungkus sel sangat berbeda. Spesies Gram-positif memiliki pseudomurein, metanokondroitin, dan heteropolisakarida dinding sel; sel Gram-negatif memiliki glikoprotein pada lapisan permukaan. Sel memiliki keragaman bentuk, termasuk berbentuk bola, spiral, pelat atau bentuk batang; unisel; multisel bentuk dalam filamen atau berupa kumpulan. Diameter sel individu 0.1- >15 µm, dan panjang filamen dapat mencapai 200 µm. Perbanyakan melalui pembelahan biner, pertunasan, penyempitan, fragmentasi, atau mekanisme lain. Warna massa sel dapat biru, ungu, pink, oranye-coklat, kuning, hijau, hitam kehijauan, abu-abu dan putih. Kelompok utama archebakteria termasuk; a). archebakteria methanogenik, b) archeabakteria pereduksi sulfat, c). archaebakteria halofilik ekstrim, d). archaebakteria tanpa dinding sel, dan e). termofilik ekstrim “So-metabolizer.”
Ciri-ciri Arkhaebakteri :
Perbedaan karakteristik antara Arkhabakteria dan Eubakteri:
| Karakteristik | Arkhaebakteria | Eubakteri |
| Inti sel | Tidak terbungkus membran inti dan tidak memiliki nukleolus | Tidak terbungkus membran inti dan tidak memiliki nukleolus |
| Dinding sel | Bervariasi, tanpa asam muramat | Mengandung peptidoglikan yang terdiri atas asam muramat |
| Lipid pada membran | Memiliki ikatan ester, asam lemak dengan rantai lurus | Memiliki ikatan eter, rantai alifatik bercabang |
| Respon terhadap antibiotik (kloramfenikol dan kanamicin) | Tidak sensitif | Sensitif |
| Tipe nutrisi | Metanogenik, fiksasi nitrogen, kemoautotrof | Fiksasi nitrogen, fotosintesis, kemoautotrof |