
Di tahun yang sama Waksman menjadi warganegara yang dinaturalisasikan dan diangkat sebagai anggota peneliti di Universitas California, Berkeley di mana ia menerima Ph.D.-nya dalam biokimia pada 1918. Ia kemudian bergabung dengan fakultas itu di Bagian Biokimia dan Mikrobiologi; ia diangkat sebagai lektor kepala pada 1925 dan guru besar pada 1930. Pada 1940, ia menjadi Profesor dan KaBag Mikrobiologi. Di Rutgers-lah Waksman menemukan beberapa antibiotika, termasuk streptomisin pada 1943, dan neomisin pada 1948. Pada 1949, Waksman menjadi direktur Lembaga Mikrobiologi, berhenti dari jabatan itu pada 1958. Beberapa studi Waksman termasuk populasi mikrobiologis tanah, penguraian sisa tanaman dan hewan, dan pembentukan bakteri di laut dan perannya dalam biologi kelautan. Waksman juga bekas pimpinan Kelompok Mikrobiologi Amerika. Ia telah menerbitkan lebih dari 400 karya ilmiah dan 18 buku. 3 dari buku Waksman termasuk: Enzymes (1926), Principles of Soil Microbiology (1938), dan sebuah otobiografi My Life with the Microbes (1954).